Als Aquakultur wird die kontrollierte Aufzucht von Fischen, Meeresfrüchten und Wasserpflanzen bezeichnet. Anders als in der Fischerei auf See kann hier jeder Fisch seinem Züchter zugeordnet werden. Aquakulturen werden zum Teil in Teichen, in Fließkanälen, aber auch auf dem offenen Meer angelegt, wo Netze eine Art Gehege für die Fische bilden.

Wegen fortschreitender Überfischung der Meere gewinnt das Verfahren an Bedeutung und so kommt es, dass mittlerweile 47 Prozent des Fischs für den Verzehr durch Aquakulturen bereitgestellt werden.

Negative Folgen bestehen insbesondere in der Überdüngung von Gewässern, vor allem in der maritimen Fischzucht aufgrund von Nahrungsrückständen, Ausscheidungen und toten Fischen. Des Weiteren steigt durch die Größe und Dichte der Fischverbände innerhalb ihrer Gehege die Gefahr von Krankheiten, weshalb Antibiotika zum Einsatz kommen, die ebenfalls Ökosysteme gefährden. Dieses Risiko besteht gerade in Ländern, in denen niedrigere Standards zum ökologischen Schutz vorherrschen. Eine andere Gefahr besteht in dem Ausbruch der Zuchtfische aus der Kultur und der Vermischung oder Verdrängung natürlicher Bestände.

Um diesen Mischständen vorzubeugen wurden in den letzten Jahren Standards zur ökologisch nachhaltigen Aufzucht von Fischen in Aquakulturen entwickelt. Am Ende der durchgängig überwachten und kontrollierten Aufzucht von Fischen steht der BIO-Fisch. Dieser stammt immer aus der Aquakultur. Trotz der sich verbessernden Bedingung der Aquakultur, kann ein Kritikpunkt nicht übergangen werden. Und zwar die Tatsache, dass zur Aufzucht von einem Kilo Zuchtfisch bis zu 5 Kilo Lebendfisch als Futter eingesetzt werden müssen. Hieraus lässt sich folgern, dass eine Intensivierung der Aquakultur einer stärkeren Befischung der Fischbestände in den Weltmeeren zur Folge hat.

Jede Fischart kommt je nach regionaler Zusammensetzung in mehreren Beständen vor. Als Bestand bezeichnet man also eine in sich geschlossene Reproduktionseinheit. Durch Überfischung wird also zunächst nur ein Bestand gefährdet, nicht aber eine ganze Art.

Von Überfischung ist die Rede, wenn in einem bestimmten Gewässer von einem bestimmten Fischbestand durch Fischfang mehr Tiere gefangen werden, als auf natürlichem Wege nachwachsen. Dabei muss darauf hingewiesen werden, dass es immer nur um den Bestand geht und nicht um das Überleben der gesamten Art. Allein in den europäischen Gewässern des Nordostatlantiks leben etwa 13 Kabeljaubestände, von denen einige überfischt sind, andere sich jedoch in sehr gutem Zustand befinden.

Zum Beifang werden in der Fischerei alle Fische gezählt, die nicht zur erklärten Zielfangart gehören. Den Fischern gehen neben der gewünschten Zielfischart auch Fische und Meerestiere, die nicht zur Zielfangart gehörend, wie z.B. Quallen oder Seesterne, ins Netz.
Laut geltendem EU-Recht kann der Beifang über Bord geworfen werden. Diese Prozedur überleben die meisten Fische nicht. Gefangene Fische für die keine Quote vorhanden ist, dürfen laut EU-Recht nicht angelandet werden. Hierdurch werden Fischer zum Discard gezwungen. Die Praxis des Über-Bord-Werfens nennt sich Discard (to discard = wegwerfen).

Fischprodukte mit einem Bio-Siegel stammen immer aus der Aquakultur. Nur hier können Lebensraum, Lebensart und Futter durchgängig überwacht und kontrolliert werden. Für die Auszeichnung mit einem Bio-Siegel sind u.a. folgende Voraussetzungen zu erfüllen:
- Artgerechte Besatzungsdichte der Gehege
- Kein Einsatz von Chemikalien, z.B. zur Reinigung des Wassers
- Pflanzliche Nahrungsmittel aus der Ökolandwirtschaft
- Fischmehl- und öl als Futterzusatz aus der Fischverarbeitung, um marine Ressourcen zu schonen
- Kein Einsatz von gentechnisch veränderten Organismen, sowohl beim Futter als auch beim Besatz

Als Discard (englisch für wegwerfen) bezeichnet man den Vorgang Fische bzw. Meerestiere wieder über Bord zu werfen. Dies betrifft z. B. gefangene Fische für die keine Fangquoten zur Verfügung stehen, zu kleine Fische, nicht zur Zielfangart gehörende Fische oder andere Meerestiere, wie z.B. Quallen oder Seesterne. Nach geltendem EU-Recht ist es den Fischern verboten Fänge anzulanden für die keine Quoten vorhanden sind.

Seit Anfang der 80er Jahre legt die EU die Rahmenbedingungen für die Fischerei von Fischereischiffen der EU-Mitgliedsstaaten zentral fest. 2002 wurde die „Gemeinsame Fischereipolitik“ überarbeitet insbesondere mit Hinblick auf eine Nachhaltigkeit der Fischerei in EU-Gewässern.
Im politischen Prozess wurden jedoch viele Entscheidungen verwässert und Maßnahmen vorgeschrieben, die in der Praxis nicht umsetzbar sind. Zum Beispiel gilt bis heute die unsinnige Discard-Praxis in EU-Gewässern. Bislang belohnte die EU-Fischereipolitik besonders jene Fischereien mit zusätzlichen Fangmöglichkeiten, die möglichst kleine Maschen in ihren Netzen einsetzen. Gerade mit diesen Netzen werden sehr stark Jungfische und Beifänge gefischt. Gleichzeitig unterstützte und forderte die EU-weite Fischereipolitik jedoch auch eine Ausweitung der Kontrollen, die Einführung von Beratungsgremien, die Fischer, Industrie und Verbände in den politischen Prozess einbeziehen sollen sowie die Durchsetzung mehrjähriger Erholungs- und Bewirtschaftungspläne für alle Fischbestände.
In einem Bericht aus Dezember 2007 stellt der EU-Rechnungshof viele Probleme in der Umsetzung der EU-Fischereivorschriften in einigen Mitgliedsländern fest. Seit diesem Jahr (2009) hat die EU eine Diskussion über eine neue Fischereipolitik in Gang gesetzt mit dem Ziel, die vorhandenen Schwächen abzustellen (s. Nachrichten).

Die jeweilige Fangquote setzt eine bestimmte Menge Fisch fest, die in einem speziellen Gebiet während eines begrenzten Zeitraums gefangen werden darf.
Innerhalb der EU werden die Fangquoten jährlich von den EU-Agrarministern bestimmt, deren Urteil auf der Grundlage wissenschaftlicher Erkenntnisse beruhen sollte. Teilweise werden aus politischer Motivation höhere Fangquoten vergeben – mit negativen Folgen für die Fischbestände.
Die Fangquoten werden ergänzt durch ein Aufwandssystem in der Nordsee. Bis Ende 2008 wurden neben Fangquoten noch Beschränkungen in den Seetagen auferlegt, das heißt eine Beschränkung der Tage im Jahr, die tatsächlich auf See gefischt werden darf. Ab 2009 wurde dieses System in ein KW-Aufwandssystem geändert. Hierbei handelt es sich um die Summe aus Maschinenleistung und Seetagen der vergangenen Jahre, aus denen ein Mittelwert gebildet wurde. Dieser Wert beschränkt die Zeit, die ein Schiff auf See sein darf.

Langleinen bieten genauso wie Angeln eine hervorragende Qualität, da der Fisch unversehrt angelandet werden kann. In der Berufsfischerei werden kilometerlange Leinen mit beköderten Seitenleinen ausgelegt, die von Gewichten und Schwimmern in der gewünschten Tiefe gehalten werden.

Die wohl bedeutendste Fangtechnik ist in unseren Breiten die Netzfischerei. Hierbei unterscheidet man zwischen Stell- und Treibnetzen sowie den Schleppnetzen, welche in der Fischerei die größte Rolle spielen.
Stell- und Treibnetze schweben im Wasser wie senkrecht hängende Vorhänge. Mit Schwimmern an der oberen Netzkante und den unten angebrachten Gewichten wird das Netz in der gewünschten Tiefe gehalten. Diese ist jeweils abhängig von der Zielfischart. Treibnetze werden insbesondere zum Fang pelagischer Fischarten, z.B. Hering oder Makrele, eingesetzt. Schleppnetze sind große trichterförmige Beutel, die von einem Kutter bei geringer Geschwindigkeit durch das Meer gezogen werden. Das Netz wird durch Kugeln am oberen Rand und Gewichte am unteren Rand der Netzöffnung offen gehalten. An der Kurrleine, einem Stahlseil an dem das Schleppnetz hinter dem Kutter gezogen wird, befinden sich die Scherrbretter, welche das Netz zu den Seiten hin offen halten.
Bei der Schleppnetzfischerei wird zwischen pelagischen Schleppnetzen und Grundschleppnetzen unterschieden. Die pelagische Variante wird z.B. in der Heringsfischerei verwendet – also bei Fischschwärmen die sich zwischen Wasseroberfläche und dem Meeresgrund aufhalten. Grundschleppnetze werden bei Fischarten eingesetzt, die am Meeresboden leben, z.B. Seelachs, Kabeljau, Schellfisch oder Schollen. Eine spezielle Form der Grundschleppnetzfischerei ist die Fischerei mit Baumkurren, wie sie z. B. in der Krabbenfischerei praktiziert wird. Diese Netze werden mit einem waagerechten „Baum“ (dem Kurrbaum) – ähnlich einem Pflug – offen gehalten und gleiten mit dem Steert über den Meeresboden und nehmen so alles auf, was in den Bereich des Netzes gelangt. Für die Grundschleppnetzfischerei muss der Meeresboden frei von jeglichen Hindernissen (z.B. Korallen oder großen Felsbrocken) sein.

Reusen sind Fallen, die in Bodennähe lebende Meerestiere durch Köder oder andere Vorkehrungen in die Falle locken. Sie werden in Ufernähe ausgelegt und sind so konstruiert, dass die Tiere in die Reuse rein, aber nicht wieder heraus kommen können. Reusen können z.B. aus mehreren sich verjüngenden Ringen bestehen, die von einem Netz umgeben sind. Dabei bilden Rückschwimmsperren einzelne Kammern, sodass ein einmal gefangener Fisch nicht wieder entkommen kann. Auf diese Weise werden insbesondere wirbellose Meerestiere, wie z.B. Garnelen, Hummer oder Krabben, aber auch benthische und epibenthische Fischarten, z.B. Aale gefangen.

ICES steht für International Council for the Exploration of the Sea und bildet eine Art internationalen Rat für Meeresforschung, dem mittlerweile 20 Nationen angehören. Deutschland gehörte 1902 zu den Gründungsmitgliedern und stellt zurzeit den Generalsekretär der Organisation, die sich seit über 100 Jahren führend in der wissenschaftlichen Arbeit bezüglich des Nordatlantiks sowie der Nord- und Ostsee zeigt. Eben dieses Gebiet wurde auch in so genannte ICES-Fischereizonen aufgeteilt, um innerhalb der Europäischen Union gezielt Fangquoten verteilen zu können und die wissenschaftliche Arbeit zu erleichtern.

Als illegale Fischerei wird der nicht gemeldete und unregulierte Fang von Fischen bezeichnet - aus dem Englischen für „illegal, unreported and unregulated fishery (IUU)“. Darunter fällt etwa der Einsatz unerlaubter Fangtechniken und jede Aktivität, die gegen nationale oder internationale Vorschriften verstoßen – etwa eine Verletzung er Quotenbestimmung. Verstöße gegen diese Regelungen führen insbesondere zur Überfischung, da die Bestände nicht nachhaltig überwacht werden können und nicht überprüft werden kann, wie viele Tonnen Fisch zusätzlich zu den vereinbarten Quoten entnommen wurden. Darüber hinaus führt das Überangebot an Fisch zu einem Preisverfall auf den Fischmärkten und somit zu wirtschaftlichen Einbußen der rechtmäßig verfahrenden Fischer. Langfristig kann die illegale Fischerei auch zu einem Ruin der Fischereiindustrie führen.

Das Marine Stewardship Council (MSC) ist eine gemeinnützige und unabhängige Organisation, die Fisch aus nachhaltiger Fischerei mit einem Umweltsiegel auszeichnet. Ihr erklärtes Ziel ist die Verringerung der weltweiten Überfischung durch Etablierung der Nachhaltigkeit in der Fischwirtschaft. Um mit dem MSC-Siegel bedacht zu werden, müssen Fischereien einer festgesetzten Anzahl von Vorgaben (Vorschriften) entsprechen. Dazu zählt etwa die Gewährleistung der Nachhaltigkeit der Fischbestände, das Minimieren der Auswirkungen auf das Ökosystem und ein effektives Fischerei-Management. Von Kutterfisch wurde bereits die Seelachsfischerei vom MSC zertifiziert. Ostseehering, Dorsch und Flunder befinden sich ebenfalls im Zertifizierungsprozess.

Die zulässigen Größen der Netzmaschen, mit denen in EU-Meeren gefischt wird, sind genau festgelegt und immer wieder Teil wissenschaftlicher und politischer Diskussionen. Dabei geht es in der Regel um den Bestandschutz: Größere Netzmaschen sollen das Fangen noch nicht geschlechtsreifer Fische verhindern, welche für den Fortbestand der Art und somit auch für die Existenz der Berufsfischerei unentbehrlich sind. Daher richtet sich die Maschenweite nicht nur nach dem ICES-Gebiet, in welchem gefischt wird, sondern auch nach der Zielfangart. Zur Schonung von Jungfischen und der Vermeidung von unnötigem Discard werden bei Kutterfisch freiwillig Netze mit bis zu 30 Prozent größeren Maschen verwendet.

Nachhaltige Fischerei bedeutet auf den Punkt gebracht, dass nur so viel Fisch gefangen wird, wie auf natürlichem Wege nachwächst. Nur auf diese Weise kann erstens sichergestellt werden, dass die berufliche Fischerei weiterhin ihren festen Platz in Wirtschaft und Kultur behaupten kann. Und zweitens kann durch ein solch verantwortungsvolles Vorgehen gewährleistet werden, dass die nachfolgenden Generationen in den gleichen Genuss der Ressource Fisch kommen wie wir heutzutage. Zu diesem Zweck werden von der Europäischen Union jährlich genaue Fangquoten und technische Maßnahmen für die Fischerei festgelegt. Im Bewusstsein der großen Verantwortung, fängt Kutterfisch in der Regel mit noch größeren Netzmaschen, um Jungtiere nicht vor ihrer Geschlechtsreife zu fangen und Discard zu vermeiden.

Zu Seetagen werden alle Tage gezählt, die ein Schiff außerhalb des Hafens verbringt. Durch die Festlegung einer genauen Anzahl erlaubter Seetage versucht die EU die Fischereiaktivitäten zum Schutz bestimmter Bestände und Seegebiete zu steuern.
Die Fischerei lehnt Seetage- oder andere Aufwandsregelungen ab, da durch die festgelegte Quote die Höchstfangmengen festgelegt sind. Durch Aufwandsregelungen wird der bürokratische Aufwand extrem erhöht und verhindert die Fokussierung auf die eigentlich wichtigen Fragen in der nachhaltigen Fischerei.

Das Kürzel FAO steht für Food and Agriculture Organization, die Ernährungs- und Landwirtschaftsorganisation der Vereinten Nationen. In Deutschland auch häufig als Welternährungsorganisation bezeichnet. Das erklärte Ziel der FAO ist die verbesserte Produktion und gerechtere Verteilung von landwirtschaftlichen Produkten und Nahrungsmitteln zur Sicherstellung der Ernährung und Verbesserung des Lebensstandards in der Welt. An die Gründung der Organisation am 16. Oktober 1945 erinnert jährlich der so genannte Welthungertag. Die Kernbereiche, in denen die FAO tätig ist, bilden Entwicklungshilfe, Regierungsberatung, ein internationales Ernährungsforum sowie die Information über Ernährung, Landwirtschaft, Fortwirtschaft und auch über Fischerei. In diesem Zusammenhang werden in regelmäßigen Abständen Berichte angefertigt und veröffentlicht, die den aktuellen Stand eines Bereichs schildern: So etwa stammt auch der Weltfischereibericht von der Welternährungsorganisation.

In regelmäßigen Abständen veröffentlicht die Ernährungs- und Landwirtschaftsorganisation (FAO) den Weltfischereibericht, der die aktuelle Beschaffenheit weltweiter Fischbestände aufschlüsselt. In der aktuellen Version berichtet die Organisation, dass 19 Prozent der Bestände überfischt und 8 Prozent erschöpft sind. Weitere 52 Prozent sind bis an die Grenzen ihres Reproduktionslevels ausgereizt. Des Weiteren macht die FAO auf die Auswirkungen des Klimawandels aufmerksam, der die weltweite Fischerei vor neue Herausforderungen stellen wird. So kommt es etwa, dass Fischarten, die wärmere Gewässer bevorzugen sich immer weiter den arktischen bzw. antarktischen Gewässern annähern.
2006 wurden über 110 Millionen Tonnen Fisch für den Verzehr bereitgestellt. Die Produktivität beim Fischfang scheint aber seine Grenzen erreicht zu haben, für die Steigerung ist der Anteil an Fisch aus Aquakulturen entscheidend, der mittlerweile bereits 47 Prozent des weltweit für den Konsum produzierten Fisch ausmacht. Aufgrund des hohen Bedarfs von Wildfisch als Futtermittel für die Aquakultur sollte die Aquakultur mit großer Sorgfalt betrachtet werden.

Im Gegensatz zu Fischen aus der Aquakultur werden Fische, die auf offener See gefangen wurden, als Wildfang bezeichnet. Der Wildfang macht immer noch den größten Anteil der weltweiten Fischproduktion aus. Dabei werden nicht nur Fische für den menschlichen Verzehr gefangen, sondern auch als Grundlage für Fischmehl. Dieses wird besonders bei der Versorgung für Fischzuchten in Aquakulturen verwendet.